按照國家和院財務管理有關法規，建立和完善財務管理制度，依法接受財政、審計部門和上級主管機關的檢查監督，保證各類經費的有效使用和安全；合理編制年度預、決算及各類經費相關的統計工作，會同科技處和項目處檢查和監督預算執行情況；負責各類業務的會計核算、帳務處理，規范各項財務支出并進行審核和監督，負責臺基建項目的會計核算和財務管理；努力節約開支，提高資金使用效率；定期編制財務報表，及時、準確、全面地反映全臺的財務狀況。